1kg 이하의 초극소 미숙아의 생존율이 호전되면서 다양한 합병증과 뇌의 손상 등이 문제가 되고 있다. 인공호흡기를 사용하기 위해 기관지 삽관을 하면 이로 인해 폐외 공기 누출(기흉)이 발생하는데 초극소 미숙아의 경우 생명이 위험해지는 상황이 올 수도 있다. 그 외에 물리적인 기관지 손상에 의해 성문하 협착, 출혈, 콧구멍 손상, 관에 의한 기관지 손상 등이 올 수 있다. 폐 출혈은 주로 1.5kg 미만 극소 미숙아에서 오는데 출혈 정도에 따라 호흡곤란이 심해져 생명이 위험해질 수 있다. 동맥관 열림증은 태아의 산소 공급은 산모로부터 받기 때문에 동맥관으로 혈류가 폐를 통과하지 않고 동맥관으로 지나가나 생후에도 지속적으로 닫히지 않고 남아 있는 경우로 미숙아에서 흔히 있다. 약물 등을 사용하나 지속시 필요에 따라 동맥관을 묶는 시술을 하기도 한다. 미숙아 망막증은 임신 나이가 적을수록 빈도가 높아지는데 심한 경우 실명을 하기도 한다. 안과에서 심한 망막증은 광응요법, 약물주입 등 치료를 한다. 최근 1kg 미만의 미숙아의 생존율이 높아져서 문제가 되는 것은 기관지 이형성증(BPD)이다. 인공호흡기 치료를 오래하면 기관지 손상이 생기면서 폐포 발달이 정상적으로 이루어지지 못해 생기는데 가능한 산소, 인공호흡기 치료 기간 단축 등 시도를 하고 있으나 현재까지 특별한 방법은 없다. 줄기세포 치료는 아직 연구단계에 있다.